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Text File  |  1995-03-04  |  2.4 KB  |  51 lines
  1. *********************************
  2. * Chaperonins clpA/B signatures *
  3. *********************************
  4.  
  5. A number  of  ATP-binding  proteins that are are thought to protect cells from
  6. extreme stress  by  controlling  the  aggregation  of  denaturation  of  vital
  7. cellular structures  have  been  shown [1,2] to be evolutionary related. These
  8. proteins are listed below.
  9.  
  10.  - Escherichia  coli  clpA,  which acts as the  regulatory subunit of the ATP-
  11.    dependent protease clp.
  12.  - Rhodopseudomonas blastica clpA homolog.
  13.  - Escherichia coli heat shock protein clpB.
  14.  - Bacteroides nodosus clpB homolog.
  15.  - Yeast heat shock protein 104 (gene HSP104), which is vital for tolerance to
  16.    heat, ethanol and other stresses.
  17.  - Neurospora heat shock protein hsp98.
  18.  - Yeast mitochondrial heat shock protein 78 (gene HSP78) [3].
  19.  - CD4A  and CD4b, two highly related  tomato proteins that seem to be located
  20.    in the chloroplast.
  21.  - Trypanosoma brucei protein clp.
  22.  
  23. The size  of  these proteins range from 84 Kd (clpA) to slightly more than 100
  24. Kd (HSP104).  They  all  share  two conserved regions of about 200 amino acids
  25. that each contains an ATP-binding site. In addition  to  the ATP-binding A and
  26. B motifs there are many parts in these two domains that are also conserved. We
  27. have selected two of these regions as signature patterns.  The first signature
  28. is located  in  the  first  domain, some ten residues to the C-terminal of the
  29. ATP-binding B  motif.  The  second  pattern is located in the second domain in
  30. between the ATP-binding A and B motifs.
  31.  
  32. -Consensus pattern: D-A-[SGA]-N-[LIVM](2)-K-P-x-L-x(2)-G
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Consensus pattern: R-[LIVMFY]-D-x-S-E-[LIVMFY]-x-E-[KRQ]-x-[STA]-x-[STA]-
  37.                     [KR]-[LIVM]-x-G-[STA]
  38. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40.  
  41. -Last update: June 1994 / Text revised.
  42.  
  43. [ 1] Gottesman S., Squires C., Pichersky E., Carrington M., Hobbs M.,
  44.      Mattick J.S., Dalrymple B., Kuramitsu H., Shiroza T., Foster T.,
  45.      Clark W.P., Ross B., Squires C.L., Maurizi M.R.
  46.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 87:3513-3517(1990).
  47. [ 2] Parsell D.A., Sanchez Y., Stitzel J.D., Lindquist S.
  48.      Nature 353:270-273(1991).
  49. [ 3] Leonhardt S.A., Fearon K., Danese P.N., Mason T.L.
  50.      Mol. Cell. Biol. 13:6304-6313(1993).
  51.